Pelabuhan Merak adalah pelabuhan penyeberangan di Kecamatan Pulo Merak, Kota Cilegon, Banten. Pelabuhan Merak menghubungkan pulau Jawa dengan pulau Sumatera yang dipisahkan oleh Selat Sunda. Pelabuhan Merak adalah pelabuhan perintis yang dibangun pada masa pemerintahan Hindia Belanda dan pertama kali beroperasi pada 1912.
Dipilihnya Merak sebagai lokasi pelabuhan salah satunya karena posisi Merak sangat berdekatan dengan Pulau Sumatera (Andalas) dibandingkan dengan daerah lainnya di pantai Utara di Pulau Jawa.Dikutip dari dokumen Balai Pelestarian Sejarah dan Nilai Tradisional Bandung, "Pelabuhan Penyeberangan Merak (1957-2004)" oleh M. Halwi Dahlan, pada waktu itu, Pelabuhan Merak dibangun untuk memobilisasi bahan sandang, pangan, serta penumpang kalangan tertentu. Kebutuhan sandang dan pangan diangkut berdasarkan kebutuhan timbal balik antara Batavia dengan Sumatera. Sedangkan pengangkutan penumpang sangat dibatasi yaitu kalangan birokrat atau orang-orang yang dipercaya oleh pemerintah Hindia Belanda, penyeberangan pasukan untuk memadamkan pemberontakan, dan arus ekonomi kolonial.
Kapal “Taliwang” yg tercatat dalam rintisan sejarah RI, sebagai alat perhubungan pertama menghubungkan Merak dan Panjang, 1952. Dibangun H.W. Deandels Tidak hanya membangun Jalan Raya Pos Anyer - Panarukan, kedatangan H.W. Daendels juga yang pertama kali merancang pembangunan Pelabuhan Merak. Sejak menginjakkan kaki pertama kali ke Anyer pada 1 Januari 1808, Daendels telah memutuskan untuk membangun pelabuhan pertahanan untuk tempat bersandar armada kapal laut pasukan Perancis. Ribuan tenaga kerja dipaksa untuk mengurug dan mempersiapkan pembangunan pelabuhan ini. Sayangnya karena kekurangan tenaga kerja, hingga Daendeles kembali ke Belanda pada tahun 1881, Pelabuhan tidak dibangun dengan sempurna. Hingga akhirnya Pelabuhan Merak diduduki tentara Inggris. Sejak itu pula pelabuhan ini menjadi tempat bersandar kapal dagang maupun kapal militer.
Pelabuhan Merak kemudian kembali diambil alih oleh kolonial Belanda. Pelabuhan Merak dibuka pada tahun 1912 dan menjadi satu-satunya pelabuhan penyeberangan dari Pulau Jawa (Merak) ke Pulau Sumatera (Panjang), sehingga Pelabuhan Merak menjadi pelabuhan perintis yang beroperasi sebagai pelabuhan penyeberangan antar pulau. Dalam laporan residen Banten tahun 1913, C.W.A van Rinsum menyebutkan, hampir semua kapal uap menuju pulau Jawa berhenti di Pelabuhan Merak. Selain melayani penyebrangan menuju Lampung, pelabuhan ini juga dibangun seiger untuk kapal-kapal pengangkut pos bersandar.
Dipilihnya Merak sebagai lokasi pelabuhan merupakan tempat yang paling strategis dan aman. Posisi Merak sangat berdekatan dengan Pulau Sumatera (Andalas) dibandingkan dengan daerah lainnya di pantai Utara di Pulau Jawa. Jarak tempuh menjadi semakin pendek yang jika ditinjau dari segi politik sangat menguntungkan. Kondisi geografis di Merak juga sangat memungkinkan untuk menjadi sebuah pelabuhan penyeberangan, sebab secara alami didukung oleh palung laut serta adanya pulau-pulau kecil yang dapat menahan hempasan ombak dari Samudera Hindia yang masuk ke Selat Sunda. Karena posisinya yang strategis ini juga, Pelabuhan Merak menjadi tempat untuk memantau dan mengawasi aktivitas pelayaran yang melintas di Selat Sunda, terutama kapal-kapal dagang yang merupakan saingan pemerintah kolonial Belanda saat itu.
Sementara itu, masyarakat pribumi yang dapat menyeberang menggunakan fasilitas pelabuhan hanya mereka yang mendapat izin dari pemerintah Hindia Belanda. Namun, dengan ketentuan yang sangat ketat. Misalnya, mereka yang diseberangkan bukanlah tokoh-tokoh politik tertentu atau yang berpotensi menyebarkan paham nasionalisme antar pulau, kecuali mereka yang berstatus tahanan dengan pengawalan ketat. Hal ini dilakukan oleh pemerintah Hindia Belanda untuk mengantisipasi bersatunya masyarakat kedua pulau baik dari segi ekonomi maupun sosial budaya.
Warga pribumi pasti akan kesulitan menyebut nama Sint-Nicolaas Punt. Padahal pada jaman kolonial Belanda berkuasa, Merak bernama Sint-Nicolaas Punt. Hal ini karena Pelabuhan Merak menjadi sangat penting ketika Belanda berhasil membangun jalur kereta api Merak pada tahun 1912. Jalur kereta api Merak ini terhubung dengan kota-kota lain di pulau Jawa. Merak kemudian menjadi kawasan yang sangat populer dalam dunia transportasi kereta api dan kapal laut. Pasca kemerdekaan, pemerintah Republik Indonesia mulai serius menangani PJKA waktu itu baru memiliki tiga kapal penyebrangan yang berasal dari peninggalan Belanda, kemudian diberi nama Karimun, Krakatau, dan Bukit Barisan.
Uniknya Pelabuhan Merak saat itu masih menggunakan batang-batang pohon kelapa sebagai dermaga atau kade. Pantai Merak yang dangkal menyebabkan kapal penyeberangan tidak dapat merapat. Penggunaan batang kelapa dipilih karena kemampuannya terapung dan tahan terhadap kandungan garam air laut. Pengelolaan Pelabuhan Merak kemudian ditangani oleh perusahaan BUMN pada tahun 1977, yaitu PT ASDP (Angkutan Sungai Danau dan Penyeberangan). Di bawah perusahaan ini kemudian berhasil dibangun dermaga untuk kapal jenis Roro dan Kapal Cepat. Dermaga Pelabuhan Merak, Circa 1930, publikasi KITLV (diambil dari Muhammad Abduh Jamhari) Pembangunan dermaga di Pelabuhan Merak sudah dimulai sejak tahun 1970, yaitu membangun dermaga tempat parkir kapal feri dan naik-turun penumpang. Pelaksanaan pembangunan ini mencapai sepuluh tahun. Hingga tahun 1980 resmilah beroperasi dermaga baru Pelabuhan Merak serta Pelabuhan Bakauheni.